Da Palermo passa a Roma, dal Garibaldi al liceo, il liceo classico di via Giulia, dove Emilio insegnerà religione dal 1955 al 1972. Sarà un lungo periodo di scuola e di studi, che Emilio vivrà intensamente: anni di cambiamenti e di speranze, del Concilio, di Papa Giovanni e di Paolo VI, anni segnati, dirà Emilio, «dall’ebbrezza della Pentecoste».
Che cosa volevano dirmi quei ragazzi del liceo Virgilio di Roma? Penso che volessero dirmi che non si accontentavano di parole, e che se io volevo sentire il profumo dell’Eterno dovevo vivere immerso in questo tempo, attento alla voce degli uomini di oggi e cercando d’interpretarla.
Emilio abita a villa Bassi, residenza romana della Compagnia di San Paolo. Qui ha una piccola stanza e i suoi libri, una stanza che diceva del suo distacco dalle cose, insieme spoglia e accogliente, il luogo della preghiera, della lettura, del battito sui tasti della macchina da scrivere.
A villa Bassi Emilio vedrà crescere, attorno a sé, quella comunità di amici che si consoliderà nel tempo e si rinnoverà con le generazioni: alunni del liceo, poi ex alunni, i figli, le famiglie. Una comunità per la quale Emilio resterà un punto di riferimento, anche quando non sarà più a Roma.
Villa Bassi sarà anche la sede degli incontri promossi da Emilio negli anni del Concilio e del post-Concilio, anni di trasformazioni e di attese, anni in cui “la Chiesa esce dal Concilio dicendo: Cosa volete? la giustizia? io sono al servizio; volete la libertà? io sono al servizio”. Sono parole di Padre Ernesto Balducci, pronunciate nel corso di una conferenza a villa Bassi il 21 dicembre 1965. Uno dei numerosi incontri che Emilio offrì ai suoi amici a Roma e volle trascrivere e pubblicare.
È con queste iniziative che si consolidava la comunità. Alla Pentecoste 1968 sarà la volta di Padre Stanislas Lyonnet, decano al Pontificio Istituto Biblico, un maestro per Emilio. E a villa Bassi verranno anche biblisti e teologi con i quali Emilio ha avuto una frequentazione sistematica: da Pietro Rossano a Bernard Häring, da Emanuele Testa a Nando Fabro, da Paolo Liggeri a Davide Maria Turoldo.
Gli anni romani sono per Emilio anni di studio. Frequenta, pur non essendo iscritto, l’Istituto Biblico, dove incontra il grande biblista francese Stanislas Lyonnet, col quale avverte subito una consonanza spirituale. Diceva Emilio che Lyonnet gli aveva fatto amare S. Paolo ancora di più e che da lui aveva ricevuto gli strumenti per passare dall’esegesi letterale alla teologia spirituale, “ab historia in mysterium”, secondo le parole di Gregorio Magno.
Altrettanto importante per Emilio sarà l’incontro con Padre Michele Pellegrino, grande studioso di storia e letteratura cristiana antica, dal ’65 al ’77 arcivescovo di Torino. Conterà molto anche la frequentazione del francescano Bellarmino Bagatti, personalità di riferimento per l’archeologia cristiana, autore di numerosi scavi in Terrasanta.
Scriverà Emilio nel 1992, in occasione dei suoi cinquant’anni di sacerdozio: «Sono sempre molto grato a Padre Lyonnet che mi iniziò alla lettura di san Paolo, al cardinal Pellegrino che mi insegnò a nutrirmi del midollo dei Padri della Chiesa, a padre Bagatti che mi comunicò il gusto di cercare fra le pietre della Terra santa la roccia che è Cristo, quella roccia che nel deserto accompagnava e dissetava il popolo dell’antica alleanza».
Emilio si dedica allo studio delle radici del cristianesimo, alla chiesa delle origini, alla letteratura patristica. Comincia a pubblicare, dapprima per la GIAC (Gioventù Italiana di Azione Cattolica), poi per l’Ave, e nel 1966 esce da Città Nuova Editrice la sua traduzione, con introduzione e note, del Commento al Vangelo e alla prima Epistola di San Giovanni di Sant’Agostino.