Sempre in Sicilia, ma questa volta in una scuola: insegnante di Religione nel Liceo classico Garibaldi di Palermo. Qui è con una classe tutta femminile. Siamo nei primi anni Cinquanta. Comincia allora quel sodalizio con i giovani che segnerà profondamente il suo apostolato. Con gli alunni stringerà rapporti che dureranno nel tempo.
Ha una vita intensa a Palermo. Insegna al Liceo e si fa promotore di attività culturali come assistente della “Casa della Gioventù” dei Paolini. In questa veste, per gli universitari e i laureati, organizza incontri e conferenze .
Ma non si dimentica della missione: a Palermo l’apostolato di frontiera lo fa nel luogo più estremo, tra i carcerati. Emilio, però, ha scelto la sua strada: è quella dello studio e della scuola. Lo studio della Sacra Scrittura e dei Padri della Chiesa, che coltiverà fino all’ultimo dei suoi giorni, e la scuola, che vivrà come un luogo di esperienza pastorale.